A Gyermekgyógyászati Klinikának az a célja, hogy a 21. század színvonalának megfelelő betegellátó, oktató-, kutató- és gyermek-egészségügyi központ legyen, mely folyamatosan gyarapítja ismereteit az új tudományágak területén, beleértve a betegségek diagnózisának, prognosztizálásának, gyógyításának és megelőzésének alapvetően új lehetőségeit is.

A Pécsi Tudományegyetem Klinikai Központ Gyermekgyógyászati Klinikája két telephelyen (József Attila és Rákóczi utcai) működik. Kilenc fekvőbeteg osztályon és 26 szakambulancián 358 dolgozó (orvos, egyéb diplomás, szak-, adminisztratív és fizikai dolgozó) szolgálja a beteg gyermekek gyógyulását. A Belgyógyászati (gasztroenterológiai fő profillal), Infektológiai, Intenzív, „Dr. Mestyán Gyula” (diabetes, endokrinológia, nefrológia profillal) Neurológiai, Onkológiai, Pulmonológiai, Pszichiátriai és Sebészeti osztályokon 167 ágyon látják el a vármegye és a régió 18 évnél fiatalabb betegeit. Számos osztály nemcsak városi és vármegyei, de regionális és országos vonzáskörű feladatokat is ellát. 

A szívsebészet kivételével gyakorlatilag a teljes pediátriai spektrumot felöleli a klinika tevékenysége. 

Az ambulancia udvar felöli bejáratánál újszülöttmentő inkubátor van elhelyezve, mely lehetőséget ad a gyermekükről lemondó anyáknak arra, hogy babájukat biztonságos, gondoskodó környezetben hagyják. 

A klinika területén működik a kistérségi és városi házi gyermekorvosi ügyeleti szolgálat is, ami meggyorsítja a betegek vizsgálatát és kezelését.