A beteget megillető szabad vallásgyakorlás és a vallási meggyőződésének megfelelő egyházi személlyel való kapcsolattartás jogának érvényesülése érdekében a Klinikai Központban tartandó egyházi szertartások idejét, rendjét és helyét, valamint az egyházi személyek elérhetőségét a Klinikákon kifüggesztett tájékoztató tartalmazza.

A Pécsi Tudományegyetem Klinikai Központ intézményeiben a gyógyítás és beteggondozás mellett rendszeres lehetőséget biztosítanak a bent fekvő hívek vallásgyakorlására és lelkigondozására is. A pácienseket kérésükre felekezetükhöz tartozó kórházlelkészek kereshetik fel (sürgős esetben a nap bármely órájában meglátogatják és szentségekkel megerősítik a betegeket). A nap 24 órájában elérhető a kórházlelkészi diszpécser a 06-30/70-20-133-as telefonszámon, aki segít felvenni a kapcsolatot a felekezethez tartozó lelkipásztorral.

Több felekezet önkéntes beteglátogatói keresik fel hetente az osztályokat. Ilyenkor a betegek előzetes jelentkezés nélkül beszélgethetnek a nehézségekről, szükség esetén további lelki ellátást és támogatást kérhetnek.

A Klinikai Központ Akác utcai épületében kialakított kórházkápolnában minden szerdán 14 órától imaórára, 16 órától római katolikus szentmisére várják a híveket, ekkor rendszeres áldozást biztosítanak a tartósabban bent fekvőknek. Gyónásra a szentmise előtt van lehetőség, és a szentmisék után a beteglátogatók igény szerint a lelkipásztorokat az ágyban fekvő betegekhez is elkísérik.

Emellett a Klinikai Központ Janus Pannonius Klinikai Tömbjének kórházkápolnája is lehetőséget kínál a csendes elmélyülésre.