A PTE KK Neurológiai Klinika a szubspecialitások rendszerére épül. A Stroke Tanszék hazánk egyik vezető komprehenzív stroke centruma. Nemzetközi szintű akut stroke-ellátást alakítottunk ki. A centrumban végzett vérrögoldó kezelések száma hazai és nemzetközi szinten is kiemelkedő.

A Klinikai Neurofiziológia és Epileptológia Tanszék a dél-dunántúli epilepszia kezelés központja. Az epilepsziaellátás teljes profilját nyújtja, és azon betegeknél, akik nem válnak rohammentessé gyógyszeres kezelésre, műtéti beavatkozásra is sor kerülhet az Idegsebészeti Klinikán. A két klinika együttműködése eredményeként program keretében műtött betegek 75%-a rohammentes lett.

A Mozgászavarok Tanszék a Magyarországon elérhető összes terápiás lehetőséggel áll a betegeink rendelkezésünkre.

Alvásmedicína Tanszék tevékenységi köre felöleli az alvászavarok teljes skáláját, a kórképek vizsgálatáig és terápiáig.

Klinikai és kísérletes Neuroimmunológiai Tanszék a hazai neuroimmunológia egyik jelentős központja. Progresszív ellátásban regionálisan és országosan ellátja a bonyolult és drága diagnosztikát és terápiát igénylő betegeket.

A Neuropatológiai Tanszék és Izombetegségek Munkcsoport a Környéki idegrendszeri kórképek és izombetegségek diagnosztikájához nélkülözhetetlen ideg- és izombiopsziák végzi, és értékeli ki.

A HUN-REN Klinikai Idegtudományi Képalkotó Támogatott Kutatócsoportban a PTE Neurológiai, Idegsebészeti és Pszichiátriai Klinikái, továbbá a velük egy tömbben lévő Pécsi Diagnosztikai Központnak az országban egyedülálló módon sikerült egy, a négy intézményt összekapcsoló kooperációt kialakítani, melynek eredménye, hogy Magyarországon számos MRI-alapú diagnosztika és terápiás eljárásra csak itt van mód. Hazánkban elsőként vezette be a klinikai rutinban is használható standard funkcionális MRI-vizsgálatokat.