A Klinika a szubspecialitások rendszerére épül. Jelenleg két telephelyen működik. 

A JPKT telephelyen helyezkedik el a Stroke Tanszék, amely hazánk egyik vezető komprehenzív stroke centruma. Nemzetközi szintű akut stroke ellátást alakított ki, mely a legmagasabb szintű agyi képalkotást és az agyi érelzáródások mindkét típusú rekanalizációs kezelését tudja biztosítani. A centrumban végzett vérrög oldó kezelések száma hazai és nemzetközi szinten is kiemelkedő. Ezek közül a katéteres trombus eltávolítások az Idegsebészet Klinika angiographiás laboratóriumában történnek meg.

 A Klinikai Neurofiziológia és Epileptológia Tanszék a dél-dunántúli epilepsziakezelés központja. Az epilepsziaellátás teljes profilját nyújtja: korszerű gyógyszeres kezelés, epilepszia-sebészet (felszíni és mélyagyi elektródákkal történő kivizsgálás), bolygó-ideg stimuláció, mélyagyi stimuláció. Azon betegek egy részénél, akik nem válnak rohammentessé gyógyszeres kezelésre, műtéti beavatkozásra is sor kerülhet az Idegsebészeti Klinikán. A két klinika együttműködése eredményeként program keretében műtött betegek 75%-a rohammentes lett. 

A Mozgászavarok Tanszék a Magyarországon elérhető összes terápiás lehetőséggel áll a betegeink rendelkezésünkre. Ezek közé tartoznak a leghatékonyabb gyógyszeres kezelések, a nagy hatékonyságú neuromodulációs technikák (mély agyi stimuláció, gerincvelő stimuláció), levodopa pumpa (Duodopa), apomorfin injekciós kezelés, illetve repetitív mágneses kezelés (rTMS) is.

Az Alvásmedicína Tanszék tevékenységi köre felöleli az alvászavarok teljes skáláját az alvásfüggő légzészavaroktól az alvás során megjelenő mozgászavarokon, inszomniákon át az aluszékonyságot okozó kórképek vizsgálatáig és terápiáig. 

A Klinikai és kísérletes Neuroimmunológiai Tanszék a hazai neuroimmunológia egyik jelentős központja. Neuroimmunológiai betegségekben (sclerosis multiplex, környéki idegrendszeri demyelinisatiós folyamatok, myasthenia gravis) a progresszív ellátás elvének megfelelően regionálisan és országosan ellátja a bonyolult és drága diagnosztikát és terápiát igénylő betegeket.

A Neuropatológiai Tanszék és Izombetegségek Munkcsoport a Környéki idegrendszeri kórképek és izombetegségek diagnosztikájához nélkülözhetetlen ideg- és izombiopsziák végzi, és értékeli ki. A Tanszék regionális szinten látja el a felnőtt SMA betegek génterápiáját.

A HUN-REN Klinikai Idegtudományi Képalkotó Támogatott Kutatócsoportban a PTE KK Neurológiai, Idegsebészeti és Pszichiátriai Klinikái, továbbá a velük egy tömbben lévő Pécsi Diagnosztikai Központ az országban egyedülálló módon kialakított egy, a négy intézményt összekapcsoló kooperációt, amelynek eredménye, hogy Magyarországon számos MRI-alapú diagnosztika és terápiás eljárásra csak itt van mód. Hazánkban elsőként vezette be a klinikai rutinban is használható standard funkcionális MRI vizsgálatokat, melyeket számos kísérletes MRI módszer bevezetése követett.