A Klinikai Központi Gyógyszertár alapvető feladata a betegellátó intézetek gyógyszerellátásának biztosítása. Célja a biztonságos és magas szakmai színvonalú gyógyszerellátás a gazdaságossági szempontok figyelembevételével. Helyi gyógyszerelőállítással biztosítja a speciális vagy egyedi igények kielégítését. A gyógyszerészeti tudomány és kutatás gyakorlati eredményeit felölelő adatbázisa segítségével széleskörű gyógyszerinformációs lehetőséget biztosít.

A PTE KK Szervezeti és Működési Szabályzata, valamint a Működési Rendről szóló 3/2020. számú Elnöki Utasítás 2024. július 1. napjától hatályos módosítások alapján jött létre egy önálló Klinikai Központ alá tartozó szervezeti egység, a PTE KK Klinikai Gyógyszerészeti Intézet (korábban PTE KK Klinikai Központi Gyógyszertár). Jelen szabályzat módosítását a Szenátus 138/2024. (06.20.) számú elektronikus úton hozott határozatával fogadta el.

A Klinikai Gyógyszerészeti Intézet jogutódként mindenben ellátja a korábbi Klinikai Központi Gyógyszertár feladatait is, így a klinikák teljes körű, minőségirányítási rendszerrel támogatott gyógyszerellátását és gyógyszerészeti szolgáltatásait. 

Az intézet az alábbi főbb feladatokat, szakmai területeket látja el: 

1. a klinikák és integrált vármegyei kórházak biztonságos, magas gyógyszerész szakmai színvonalú gyógyszerellátását, gazdasági szempontokra is kiterjedően, 
2. saját laboratóriumaik gyógyszerkészítő tevékenységével az ilyen jellegű rutin, valamint speciális, egyedi igények kielégítését, 
3. teljes körű és eseménytörténetileg hiteles egyedi gyógyszerelés klinikai kiterjesztését, gyógyszerészeti menedzselését, 
4. a gyógyszerelési beavatkozások gyógyszerészetileg minőségbiztosított és nemzetközi standardoknak megfelelő biztosítását és fejlesztését, 
5. a klinikai adatvagyon gyógyszerelési tartalmának hiteles és teljes körű kialakítását, validálását, 
6. a gyógyszerész graduális, posztgraduális és klinikai kutatási menedzser szakirányú továbbképzés oktatási és kutatási feladataiban hatékony közreműködést, 
7. klinikai környezetben működő, széleskörű szakmai területeket átfogó, gyakorló tevékenységet folytató gyógyszerészeti intézetként az ilyen tartalmú képzési feladatok ellátását,
8. a humán klinikai vizsgálatok intézményi koordinálásában való közreműködést, 
9. a vármegyei kórházak gyógyszerészeti vonatkozású integrált működésének biztosítását, 
10. a betegellátás gyógyszerészeti színvonalát és a célorientált, gyakorlati hasznú gyógyszerészeti innovációt is elősegítő úgynevezett gyógyszerészeti ökoszisztéma központi összefogó szakmai folyamatgazdai szerepkör ellátását.

Ezek által valósul meg az intézet klinikákhoz hasonló hármas szerepkörének teljesítése, azaz a betegellátás, kutatás-fejlesztés és oktatás gyakorló gyógyszerészeti intézetbe integrálása. Ez egy olyan pécsi erősség (Magyar Felsőoktatási Akkreditációs Bizottság Látogató Bizottság által is kiemelt), amit a jövőben is meg kell őrizni és tovább kell erősíteni, fejleszteni! A MAB korábban ezt így fogalmazta meg:

„Előnyös a pécsi képzésnél is, hogy a PTE szakmailag igényes Egyetemi Gyógyszertára közvetlenül is szerepet kapott a képzésben. Ezzel sikeresen teremtődött meg annak a lehetősége, hogy a képzésbe egy gyakorlatorientált, kiterjedt klinikai háttérrel, kapcsolattal működő intézetet integrálódjon.“ (l. MAB 2006/2/II/1/3. sz. és 3/6. sz határozatában)

Akkreditált gyakorlati képzőhelyként az intézet kiemelt célkitűzése, hogy a leendő gyógyszerészek az évek során megszerzett elméleti tudást a gyakorlatban is képesek legyenek megfelelően alkalmazni, úgy tudják szintetizálni a gyógyszerterápiás ismeretanyagot, hogy az gyógyszerészeti gyakorlati irányultságú legyen, egyúttal hatékonyan társítani tudják a szükséges gazdasági és jogi ismereteket, annak érdekében, hogy a gyógyszer- és betegellátás hasznos és hatékony szereplőivé váljanak. Ez adhat garanciát arra, hogy intézet továbbra is tudományosan megalapozott gyakorlati ismereteket oktató egységként működjön és fejlődjön, ahol a kutatás-fejlesztési munkák jól és eredményesen illeszkednek a napi, rutin klinikai, kórházi/klinikai gyógyszerészeti munkához, ismeretekhez.