A pécsi egészségügyi ellátás történelmi gyökerekkel rendelkezik. A Pécsi Szent Bertalan Ispotály első említése 1181-ből származik melyet feljegyzések szerint a középkori egyetem 1367-es alapításával átneveztek Szent Erzsébet kórházzá. Az első közkórházat Nesselrode Vilmos Ferenc pécsi püspök 1714-ben a mai a Rákóczi, Garay és Szendrei Júlia utcák által körülvett területen, a dzsámi mellett észak felé, az egykori dervis-kolostor romjain egy 50 fő elhelyezésére alkalmas „pestis kórházat” alapított. 1891-1895 között Dr. Erreth Lajos kórházigazgató vezetésével az akkori követelményeken túlmutató, pavilonos rendszerű kórházat alakítottak ki.

1923-ban az Erzsébet Tudományegyetem Pécsre költözésével megindult az orvosképzés és a klinikai betegellátás is, felhasználva a városi egészségügyi intézmények által nyújtott infrastrukturális lehetőségeket. A városi közkórház épületébe a bel- és szemklinika, a Dischka Győző utcában lévő városi felsőkereskedelmi iskolába a sebészeti klinika, a Rét utcai városi elmegyógyintézetbe az elme- és idegklinika pedig került. A bábaképző épületébe helyezték, és máig ott található – akkori nevén – a szülő- és nőbeteg klinika. A bőr- és nemibeteg-klinikát a volt csapatkórház épületében, a gyermekklinikát a Julián Egyesületében helyezték el. Utóbbiak szintén máig ott találhatók. Az épületekért cserében a klinikák elláttak közkórházi funkciókat is a város számára. Ezen klinikák átlagosan 120 ággyal rendelkeztek, és a járóbetegek száma is magas volt, 1927-ben például a gyermekklinikán 3500, a szemészeten 2970, a sebészeten 3873 beteget fogadtak. A sebészeti klinika keretein belül működtek a későbbiekben önálló klinikává váló urológiai, traumatológiai, ortopédiai és fül-orr-gégészeti szakterületek, sőt az első magyar véradó központ is. A műtétek száma meghaladta az évi ezret.

A város több pontján létrehozott klinikai egységek máig is jelentős szerepet töltenek be a város és a térség egészségügyi ellátórendszerében. A legnagyobb fejlesztés a napjainkban is meghatározó feladatot ellátó ikonikus épület, az akkor 5 egységet magában foglaló (belgyógyászat, ortopédia, radiológia, sebészet, szemészet) 400 ágyas klinika 1966-os átadása volt, mellyel az egyetem kilenc klinikája és 16 elméleti intézete a város több mint 10 pontján működött. Az elmúlt években lehetőség nyílt a betegellátásban nélkülözhetetlen szerepet játszó intézmények épületeinek felújítására és korszerűsítésére úgy, mint a Janus Pannonius Klinikai Tömb nevet kapó 400 ágyas, és a Szülészeti és Nőgyógyászati Klinika. Zöldmezős beruházásként megépülhetett az Onkoterápiás Intézet, a Rehabilitációs Központ, a Gyermek SBO és a Gyermek Pszichiátria, valamint a Fogászati és Szájsebészeti Klinika is. A korszerűsítő beruházások mellett az egészségügyi ellátás is folyamatos megújulásával világszínvonalú technológiák és eljárások is a mindennapi betegellátás részét képezik többek között a DaVinci robotsebészet, a Lutatera terápia, a genetikai vizsgálatok, és számos labordiagnosztika eljárás is.

Az egyetem szenátusában önálló képviselettel rendelkező jogállású Klinikai Központ 2007-ben jött létre. A helyi párhuzamosságok megszüntetése és a költséghatékonyság mint cél vezetett a Megyei Kórház 2010-es megszűnéséhez, a betegellátás, az eszközök és az ott dolgozók átvételéhez a Klinikai Központba. Egy többlépcsős kórházi integrációs folyamat eredményeképpen alakult ki a mai Klinikai Központ felépítése, ami 2021. december 1-től szakmai irányítási feladatokat is kapott a megye városi kórházai és az önkormányzati fenntartású járóbeteg intézményei felett.

A 2023-2024-ben zajlott integrációs folyamat következményeként a vármegyében lévő városi kórházak, úgy mint a Harkányi, a Komlói, a Mohácsi, a Siklósi és a Szigetvári Kórházak immár a Pécsi Tudományegyetem Klinikai Központ részeként folytatják működésüket, ezzel lehetőséget adva a vármegyei egészségügyi ellátás racionalizálására.