A PTE Klinikai Központ Orvosszakmai Igazgatóság Kórházhigiénés Osztály az 1970-es évek elején kezdte meg működését az akkori POTE Rektori Hivatalához integrálva EISZE (Egészségügyi Igazgatási és Szervezési Egység) néven. Jelenleg a Klinikai Központ igazgatási egységeihez tartozó szervezeti egység, amely az Orvosigazgató közvetlen irányítása alatt végzi a kórházhigiénés, infekciókontroll tevékenységet.

A Kórházhigiénés Osztály a feladatait a hatályos jogszabályok, szakhatósági előírások, módszertani levelek, szakmai eljárásrendek, protokollok alapján, a minőségügyi elvárások figyelembevételével, éves Infekciókontroll Terv alapján végzi.

Tevékenysége magában foglalja:
-    surveillance tevékenységet (adatgyűjtés, egészségügyi ellátással összefüggő fertőzések detektálása, kötelező adatszolgáltatás, környezeti infekciókontroll),
-    egészségügyi ellátás folyamatainak – fertőzés kialakulása szempontjából történő – elemzése, kockázati tényezők meghatározása, helyi szabályozás kialakítása, bevezetése, kontrollja,
-    helyi fertőzés-megelőzési stratégiák kidolgozása, a megvalósítás monitorozása, felügyelete,
-    infekciókontroll óvó-védő szabályok, megelőző óvintézkedések kidolgozása, a megvalósítás monitorozása, felügyelete,
-    fertőtlenítés folyamatainak szabályozása, a megvalósítás monitorozása, felügyelte,
-    steril anyag-eszköz ellátás módjának, folyamatainak szabályozása, végrehajtás felügyelete,
-    rovarok, rágcsálók elleni védekezés felügyelete,
-    bejelentendő fertőző megbetegedések, sporadikus egészségügyi ellátással összefüggő fertőzések regisztrálása, bejelentése,
-    halmozottan előforduló fertőzések kivizsgálása, járványok megelőzése, felszámolása, járványügyi intézkedések megtétele,
-    közreműködés a helyi antibiotikum-felhasználás felügyeleti rendszerének kialakításában, az antibiotikumokkal szembeni rezisztencia kialakulásának megelőzésében,
-    egészségügyi dolgozók fertőzéseinek megelőzésére irányuló tevékenységek szabályozása, végrehajtás ellenőrzése,
-    katasztrófa-, illetve pandémiás tervek kidolgozásában való részvétel,
-    egészségügyi dolgozók, hallgatók infekciókontroll tevékenységgel kapcsolatos tervszerű képzése, továbbképzése.

A Kórházhigiénés Osztályhoz tartozik a két telephelyen működő Központi Sterilizáló, amely a Klinikai Központ szervezeti egységeinek és a szerződött partnerek számára végez sterilizáló tevékenységet.

A kórházi betegellátó egységekre vonatkozóan a Kórházhigiénés Osztály irányítói tevékenységet és szakmai felügyeletet lát el az infekciókontroll tevékenység szakszerű és egységes megvalósítása érdekében.